2012年7月より女子選手による競輪競走としてガールズケイリンはスタートし、2022年7月に10周年を迎えた。新たなガールズケイリンの幕開けとなった2023年に、ガールズケイリンのリブランディングが行われ、新コンセプト「プロスポーツ競技のまんなかへ」のもと、誰にとってもメジャーな公正かつ安全なプロスポーツ競技を目指すこととなった。このコンセプトに基づき、2023年度から「競輪祭女子王座戦（GI）」が設立された。

2018年度に競輪祭（GI）がナイター6日制への見直しに伴い、ガールズグランプリ出場選手を決定する開催として、第60回開催から2022年第64回までガールズグランプリトライアルレース（FII）が実施された。（2レース制×2トーナメント）
2019年度の『ガールズグランプリトライアル2019』から「ガールズA」を「トパーズ」、「ガールズB」を「アメジスト」とした。この名称の由来は、競輪祭では「ダイアモンドレース」を実施しており、同じ宝石である「トパーズ」と「アメジスト」にちなみ、ガールズグランプリトライアル2019に出走するガールズケイリン選手の明るさや華やかさをイメージした。また、それぞれの宝石は誕生石となっており、「トパーズ」は小倉で競輪が発祥した1948年（昭和23年）11月、「アメジスト」は北九州市が発足した1963年（昭和38年）2月にちなんだものである。優勝した選手は当該年に実施されるガールズグランプリの出場権を付与された。
2023年度からリブランディングにより、4レース以上のトーナメントをGIとして格付け「競輪祭女子王座戦（GI）」が新設された。（4レース制×1トーナメント）
競輪祭女子王座戦（GI）の名称は、「競輪祭」が過去「競輪王決定戦」と称されていたことや、「競輪祭新人王戦」が行われていた歴史を踏まえ、競輪祭における女子GI優勝者を決するトーナメントであることを分かりやすく示したものである。
競輪祭女子王座戦の特色は、単発競走を除く、決勝1～3位の回数上位者を基本とした計28名を選抜し、当該年のガールズグランプリ出場権を賭けた最後のGIである。