滋賀県大津市内の近江神宮と高松宮家とのかかわりによって、昭和25年（1950年）から平成22年（2010年）まで、毎年大津びわこ競輪場で開催されていた。
特別競輪（GI）として正式に認定されたのは、昭和38年（1963年）5月の特別競輪等運営委員会の決定によるもので、第14回からであった。それまでは特別競輪に準ずる扱いであった。
当初は男子選手の競走の他に女子選手の競走があったので、『高松宮および同妃賜杯』という名称で行われていたが、昭和39年（1964年）10月に女子競輪が廃止になったため、同年度を最後に『高松宮妃賜杯』も廃止された。
翌昭和40年（1965年）の第16回からは『高松宮賜杯』、昭和48年（1973年）の第24回からは『高松宮杯』と名称が変更された。さらに、平成10年（1998年）の第49回からは『高松宮記念杯』と改められ、故高松宮宣仁親王殿下の御遺徳を偲び、その御意志を末永くお守りして継続することとなり、現在に至っている。
平成11年（1999年）の第50回からはそれまでの6日制から4日制へと改められた。
令和5年（2023年）の第74回からは、4日制開催から6日制開催に変更され、2025年4月から10月まで大阪府において開催される2025年日本国際博覧会（略称：大阪・関西万博）に対する支援を目的とした「大阪・関西万博協賛競輪」と位置付けられた。
また、この第74回から新たな女子トーナメントとして『パールカップ』が開催されることとなった。
この高松宮記念杯競輪は昭和48年（1973年）の第24回以降、東西対抗の形式をとっているのが特徴である。平成13年（2001年）の第52回まで選手は、東日本と西日本それぞれに分かれたレースを勝ち上がり、決勝戦で初めて東西の代表が争い勝者を決定する概定番組となっていたが、新番組制度の導入により様変わりした。
平成13年（2001年）度から『東西王座戦【GII】（高松宮記念杯競輪トライアル）』が設けられ、ここで高松宮記念杯競輪の優先出走権獲得を目指した競走が行われることとなった。
平成14年（2002年）度から東西別での勝ち上がりの場はその『東西王座戦【GII】（高松宮記念杯競輪トライアル）』の東･西各王座戦に移し、高松宮記念杯競輪では初日の一次予選及び青龍（せいりょう）賞・白虎（びゃっこ）賞の各レースにおいて東日本地区･西日本地区の選手がそれぞれ4名又は5名に分かれて激突した。
平成16年（2004年）度からは青龍賞・白虎賞を含め、初日の競走に関しては全レース東西別で行われ、2日目以降は東西混合戦という形になった。
平成22年（2010年）度をもって大津市が競輪事業から撤退したため、平成22年6月の第61回が大津びわこ競輪場で行われる最後の開催となった。
平成29年（2017年）度からは、平成13年（2001年）度以前のように決勝戦までは東西の選手が対戦しない概定番組に戻り、さらに平成30年（2018年）度からは、より東西対抗戦という特色を生かし、これまで初日に行われていた青龍賞・白虎賞を特選（東）・特選（西）に変更し、2日目に、東西それぞれの初日特選1着から4着までの選手と一次予選の1着選手が進出する青龍賞・白虎賞が設定される。また、準決勝戦のレース数が東西各1個レースから東西各2個レースに変更された。
令和5年（2023年）度から6日制となり、3日目まではポイント制による勝ち上がりが設定され、予選競走における東・西別のポイント上位者1～9位が、4日目に青龍賞・白虎賞に進出することとなった。なお、準決勝はこれまで通り東・西各2個レースとし、準決勝3着となった東・西いずれかの1名が決勝競走に進出することとした。
2012年7月より女子選手による競輪競走としてガールズケイリンはスタートし、2022年7月に10周年を迎えた。
新たなガールズケイリンの幕開けとなる2023年に向け、ガールズケイリンのリブランディングをおこない、新コンセプト「プロスポーツ競技のまんなかへ」のもと、誰にとってもメジャーな公正かつ安全なプロスポーツ競技を目指すこととした。
このコンセプトに基づき、ガールズケイリンのレース体系の再構築が行われ、2023年度より男子同様、グランプリを頂点としたダイナミックなレース体系とするため、これまで行われてきた単発レースの整理を行うと共にGIトーナメントを新設することとし、『ガールズグランプリ』をGP、『パールカップ』・『オールガールズクラシック』・『競輪祭女子王座戦』の3つの新設トーナメント（4個レース以上から構成されるもの）をGI格付とした。
パールカップ（GI）は、毎年6月に開催される高松宮記念杯競輪（GI）と同時に行われる3日制のトーナメントであり、開催時期である6月の誕生石である「パール（真珠）」を使用した名称とした。
パールカップの特色は、東日本地区、西日本地区それぞれの平均競走得点上位者を基本とした計28名（東西各14名）が選抜され、東西別の勝ち上がりで優勝を争うトーナメントである。
なお、優勝者には、年末に開催されるガールズグランプリの出場権が付与される。