その前身は『全国都道府県対抗争覇競輪』として、1951年(昭和26年)に大宮競輪場にて第1回が開催された。年間2回、春と秋に各競輪場持ち回りで開催され、都道府県単位でチームを結成し、個人優勝と団体優勝を争った。1953年(昭和28年)には『全国都道府県対抗競輪』と名称が改められた。
個人技の競走に得点を付加して団体成績を決める方法は、普通の競輪と一味違った面白さがあった。しかし、団体優勝のために個人の競走が疎かになることがあり、回を重ねるにつれ観客からの非難が増えていった。これにより、1955年(昭和30年)の第8回からは団体優勝が取止めとなり、名称も『全国都道府県選抜競輪』と改められた。1959年(昭和34年)からは年1回、原則として8月の開催となった。
1969年(昭和44年)に開催予定だった第26回は、地元住民の猛烈な反対運動により中止となり、『全国都道府県選抜競輪』はそのまま廃止となってしまった。
それから14年が経過した1983年、選手の出身地別の郷土色を生かした特別競輪を復活させたいという意見が再び浮上し、慎重な検討を重ねて誕生したのが、全国を8地区に分けた地区ごとの成績上位者によって争われる『全日本選抜競輪』である。第1回は1985年(昭和60年)に、前橋競輪場にて開催された。当初は6日制で行われていたが、1995年(平成7年)の第11回より、4日制に改められ現在に至る。
2001年(平成13年)の第17回からはグレード制の導入によって【GI】に格付けされた。同年に読売新聞社より社杯が授与され、名称は『読売新聞社杯全日本選抜競輪』となった。2008年(平成20年)1月からS級S班の創設により、2009年(平成21年)度、『SSシリーズ風光る【GI】』『SSカップみのり【GI】』が新設された。このことから、開催月が12月から8月に変更となった。2011年(平成23年)には特別競輪等の見直しが行われ、日程の過密化、S級S班選手人数の変更(18人から9人)に伴い、2012年(平成24年)度から前述の新設GI開催と『東西王座戦【GII】』が廃止となった。これにより、『読売新聞社杯全日本選抜競輪』が2月に開催されることとなった。